Le Port de la Bourdonnais a ouvert en tant que point d'embarquement dédié en 1867, six mois avant que l'Exposition universelle de Paris n'attire six millions de visiteurs sur le Champ de Mars.
Le quai en pierre a été conçu pour accueillir le trafic des bateaux à vapeur desservant le site de construction naissant de la tour Eiffel, débuté en janvier 1887 à deux cents mètres en amont. Dès 1900, les vedettes électriques ont remplacé les péniches à charbon, et le port est devenu le hub de départ touristique le plus fréquenté de la ville, transportant vingt mille passagers par semaine durant les mois de haute saison. Aujourd'hui, il demeure le point d'embarquement le plus photographié d'Europe, ses garde-corps en fer encadrant des vues directes sur la structure en treillis métallique de 330 mètres de Gustave Eiffel.
Une croisière sur la Seine depuis la tour Eiffel est un incontournable des itinéraires parisiens car le corridor fluvial concentre six monuments classés au patrimoine mondial de l'UNESCO sur un parcours de trois kilomètres : les jardins du Trocadéro, le pont Alexandre-III, le Grand Palais, le musée d'Orsay, l'île de la Cité et la flèche restaurée de Notre-Dame. Les bateaux à toit vitré exploités par les Bateaux Parisiens et d'autres opérateurs assurent des boucles continues entre le pont de l'Alma et le pont d'Iéna, le trajet de dix-huit minutes vers l'aval offrant une exposition sud imprenable sur la façade de la tour donnant sur le Champ de Mars. Contrairement aux points de départ de la rive gauche au pont Neuf ou au quai de Montebello, le Port de la Bourdonnais se situe à soixante mètres du pilier nord-ouest de la tour, éliminant les contraintes de transfert et permettant un embarquement dans l'heure suivant la visite de la tour.
Les croisières sur la Seine depuis la tour Eiffel partent toutes les trente minutes en haute saison, les croisières en soirée entre 20h30 et 22h30 étant programmées pour admirer le spectacle lumineux de cinq minutes qui se produit toutes les heures, lorsque vingt mille ampoules illuminent la structure en fer contre le ciel occidental. Des audioguides en quatorze langues racontent l'histoire architecturale des trente-sept ponts franchis pendant la boucle complète, tandis que les bateaux avec commentaires en direct ajoutent un contexte en temps réel sur le trafic fluvial, la restauration des barges et les niveaux d'eau saisonniers. La flotte comprend des vedettes de douze mètres pouvant accueillir cinquante passagers et des bateaux-mouches à impériale pouvant en accueillir quatre cents, tous accessibles aux personnes à mobilité réduite via des passerelles hydrauliques installées en 2019. Les départs en hiver passent à une fréquence horaire, mais les cabines chauffées et la baisse du prix des billets font de la période de novembre à février le créneau privilégié des photographes recherchant une lumière rasante et moins de foule sur les quais.
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